Placówka koncentruje się na ochronie dziedzictwa nautologicznego, poprzez gromadzenie i zabezpieczanie zabytków związanych z żeglugą, szkutnictwem oraz okrętownictwem. W skład muzeum wchodzi dziewięć oddziałów: dźwig portowy Żuraw, Spichlerze na Ołowiance, Ośrodek Kultury Morskiej, Muzeum Rybołówstwa w Helu, Muzeum Zalewu Wiślanego w Kątach Rybackich, Muzeum Wisły w Tczewie, Centrum Konserwacji Wraków Statków w Tczewie, statek SS Sołdek oraz statek SV Dar Pomorza.
